اين موزه به مدت 40 سال تنها موزه آستان قدس رضوي بود اما با استقرار نظام مقدس جمهوري اسلامي و آغاز تحول بنيادين در تمامي عرصهها، موزه آستان قدس رضوي نيز مسير توسعه را پيمود و در طي سالهاي پس از انقلاب شکوهمند اسلامي ايران چندين بار دچار تغيير و دگرگوني شد.سازمان کتابخانهها [6 سند از شاهان قاجار در کتابخانه آستان قدس]، موزهها و مرکز اسناد آستان قدس رضوي در زير مجموعه معاونت امور موزهها داراي 3 اداره حفاظت و مرمت آثار فرهنگي، پژوهش و معرفي اشياء و گنجينههاي آستان قدس رضوي است.
مجموعه موزههاي آستان قدس رضوي متشکل از 12 گنجينه به قرار ذيل است:
گنجينه قرآن و نفايس:
اهميت اين گنجينه به صحف و قرآنهاي نفيس آن از جمله قرآنهاي منسوب به امام علي (ع)، امام حسن (ع)، امـام حسين (ع)، امـام سجاد (ع) و امـام رضا (ع) ميباشد.
قرآنهاي اين گنجينه به خط خطاطان مشهور جهان اسلام، با تذهيب و طرحهاي زيبا و ظريف و روي پوست آهو يا ورقهاي کم نظير و ارزشمند نوشته شده اســت.
شگفتيهاي اين گنجينه چنان بيمنتهاست که خضوع و تجليل تماشــاگران را مضــاعف ميسازد.
گنجينه تخصصي فرش:
اين مجموعه شامل 37 تخته قالي و قاليچه است که از ميان نفيسترين فرشهاي موجود در آستان قدس رضوي انتخاب شده است.
بافت ظريف و لطيف، طرحها و نقش مايههاي بديع و رنگهاي موزون قاليهاي اين گنجينه بسيار چشمگير است.
از آن جمله قالي هفت شهر عشق (که نماي هفت شهر مقدس مکه، مدينه، نجف، کربلا، کاظمين، سامرا و مشهد در آن بافته شده است) و قالي گلابتون (که در آن تارهايي از ابريشم با رشته نازک طلا يا نقره پيچيده شده است) را مي توان نام برد.
گنجينه هداياي مقام معظم رهبري:
طبقه همکف ساختمان موزه قرآن به مساحت 400 متر مربع فضاي نمايشي از سال 1373 به محل نمايش هداياي مقام معظم رهبري [هديه ارزشمند مقام معظم رهبري به کتابخانه آستان قدس] اختصاص يافته است.
اشياء اين گنجينه شامل آثار هنري (تابلوهاي خط و تذهيب، نقاشي، فرش، تراش روي شيشه، معرق چوب، معرق صدف، سوزن دوزي، قلمزني روي مس)، انواع ظروف (چيني، کريستال، نقره ...)، ماکتها، مدالها و ... ميباشد که توسط شخصيتهاي ملي و خارجي به مقام معظم رهبري هديه شده است.
گنجينه تاريخ مشهد:
آثار اين بخش گذشته از امتياز هنري و تاريخي به علت ذکر تاريخ و نام سازنده و محل ساخت از اهميت خاصي برخوردار است.
اغلب اين آثار که توسط زائران امام رضا (ع) اهدا شده را ميتوان در دو بخش تقسيم کرد؛
- ابزار و ادواتي که در حرم مطهر کاربرد داشته نظير ابريق، گلگير شمع، قفل ها
- آثار مربوط به بناي حرم مطهر، همچون ضريح قديمي، محرابها، کاشيها
گنجينه سکه و مدال:

يکي از گنجينههاي نفيس آستان قدس رضوي، مجموعه سکهها و مدالهاي آن است که در حال حاضر برحسب ظرفيت مکان از بين صدها سکه و مدال خزانه آستان قدس رضوي، تعداد 407 سکه از دورههاي سلوکي، اشکاني، ساساني، خلفاي اموي، ساماني، آل بويه، خلفاي عباسي، غزنوي، سلجوقي و صفويه به همراه 99 عدد مدال به نمايش گذاشته شده است.
سکههاي ولايتعهدي امام رضا(ع) به تاريخ 202 و203 هجري قمري از جمله سکههاي بسيار نفيس اين مجموعه است.
گنجينه ظروف:
در اين گنجينه بيش از 150 عدد ظرف از دورههاي مختلف تاريخي به نمايش درآمده است[نمايشگاه چراغهاي قديمي در آستان قدس رضوي].
از آن جمله ديس چيني هشت پرآبي، سفيد با نقش اژدها و سيمرغ، نماد امپراطور و ملکه يا آسمان و زمين، متعلق به قرن 16 ميلادي.
گنجينه تمبر و اسکناس:
در اين موزه از 180 کشور جهان، حدود 50 هزار قطعه تمبر، برحسب ترتيب زماني و دورههاي تاريخي در دو بخش در معرض نمايش قرار گرفته است.
تمبرهاي ايراني، شامل دورههاي قاجار، پهلوي و جمهوري اسلامي ايران و تمبرهاي خارجي، متعلق به هر کشور برحسب قارههاي پنجگانه جهان.

اولين تمبر پستي ايران معروف به تمبر شيـر و خورشيد متعلق به زمـان ناصـرالــدين شـاه قاجار و تمبر نيمه ناصري (به علت گران بودن قيمت تمبر آنها را نصف ميکردند) از جمله تمبرهاي ارزشمند اين مجموعه ميباشند.
گنجينه سلاحهاي گرم و سرد:
در اين گنجينه ابزار و ادوات رزمي تاريخي در معرض نمايش است.
از آن جمله شمشير فولادي با دسته عاج مزين به نقوش و کتيبه زرکوب روي تيغه و تبرزين فولادي زرکوب قلمزني شده با دسته چوبي و روکش چرمي.
گنجينه ابزار نجوم و ساعت:

در اين مجموعه انواع اسطرلاب، تلسکوپهاي شکستي و انعکاسي، کرههاي جغرافيايي، قطبنما، سمتيابها و ساعتهاي ديواري، پاندولي، روميزي به نمايش گذاشته شده است.
از آن جمله ميتوان از ساعت آفتابي با صفحه سنگي و اعداد رومي ساخته شده در سال 1733 ميلادي نام برد.
گنجينه صدف و حلزونهاي دريايي:
اين مجموعه 1300 قطعه صدف و حلزون، عجايبي از شگفتيهاي خلقت آفريدگار را در برابر تماشاگر به نمايش ميگذارد.
اين مجموعه توسط آقاي محمد سعيد فواد وهبه به آستان قدس رضوي اهداء شده است.
گنجينه هنر نقاشي:
در اين موزه آثار هنرمندان برجسته ايراني و خارجي به نمايش گذاشته شده است.
از آن جمله ميتوان به آثار پنجمين روز آفرينش، عصر عاشورا، يتيم نوازي حضرت علي(ع) و اولين پيام از استاد فرشچيان، منظره شهر، و اثر ويليام جيمز اشاره نمود.
موزه ملک:
مرحوم حاج آقا حسين ملک فرزند ارشد مرحوم حاج محمد کاظم ملک التجار در نهم ربيع الاول سال 1293 در تهران متولد شد.

مرحوم ملک از دوران جواني به مطالعه و جمع آوري و نگهداري کتاب علاقهمند بود و اين عشق و علاقه که تا آخر عمر ادامه داشت، سر آغاز مجموعه گرانقدري شد که امروز شهرت جهاني دارد.
مرحوم ملک در سال 1316 شمسي کتابخانه، موزه و املاک خود را وقف آستان قدس رضوي کرد. تا زماني که وي در قيد حيات بود اختيار خريد کتاب و اشياي نفيس براي موزه و نيز اداره امور کتابخانه را خود عهده دار بود. حاج حسين ملک در سال 1351 در سن 100 سالگي بدرود حيات گفت.
مرحوم ملک با امکانات مالي وسيعي که در اختيار داشت براي حفظ ميراث فرهنگي تلاشهاي قابل تقديري انجام داد.
با آشنايي گستردهاي که با مجموعه داران کتب و آثار نفيس ايران برقرار کرده بود آنها را به هر قيمت ممکن خريداري مي کرد و به مجموعه وقفي خود ميافزود. علاوه بر آثار فوق بر اساس وقفنامه موجود، درصدي از درآمد موقوفات صرف خريد کتاب و اشياي نفيس مي شود.
مرحوم ملک، اولين مکان کتابخانه را در منزل مسکوني خود واقع در بازار بينالحرمين تهران قرارداد. اين منزل که در دوره قاجار ساخته شده 1700 متر مربع زير بنا، سه حياط اندروني و بيروني و تعدادي اتاق و تالار دارد.
با افزايش تعداد کتابها و اشياي موزهاي نياز به فضاي بيشتري احساس مي شد تا اينکه مرحوم ملک در سال 1338 زمين مناسبي را در محل باغ ملي براي اين منظور در نظر گرفت و به وسيله وقفنامه انحصارا براي احداث کتابخانه و موزه وقف کرد و املاک فراواني را به آستان قدس رضوي واگذار کرد تا از اين رهگذر مخارج اداره و توسعه موزه و کتابخانه تامين شود.

ساختمان جديد کتابخانه و موزه در زميني به مساحت 5120 متر مربع بر اساس وقفنامه و با پيگيريهاي خانم عزت ملک، دختر مرحوم ملک به عنوان ناظر استصوابي و همت مسئولان آستان قدس رضوي ساخته شد و آثار موجود در ساختمان قديمي و منزل مسکوني مرحوم ملک کلا به ساختمان جديد منتقل شد.
بناي کتابخانه و موزه ملي ملک ديوار به ديوار موزه ملي ايران قرار دارد، در جايي که روزي مشهور به ميدان مشق بود.
چشم انداز کلي ساختمان که بر اساس معماري اصيل ايراني- اسلامي شکل گرفته بيننده را به ياد بارگاه ملکوتي امام رضا (ع) مياندازد. سردر اصلي اين بنا با کاشيکاري معرق و مقرنسهاي زيباي خود ما را به درون بنا دعوت ميکند.
مجموعه ساختمان و موزه حدود 10000 متر مربع زير بنا دارد و شامل سه بخش کلي کتابخانه، موزه و بخشهاي خدماتي است.
ساختمان داراي دو بازو در قسمت شمال و جنوب است که با مرتفع شدن بخش مياني ساختمان، عظمت و اقتدار معماري اصيل سنتي به نمايش گذاشته شده است.

اين بنا شامل 3 طبقه زيرزمين، همکف و طبقه اول است و علاوه بر آنها 3 طبقه فوقاني دارد که مخزن کتابهاست و قسمت مرتفع و مياني ساختمان را تشکيل ميدهد.
زيرزمين شامل سالن تمبر، قالي، مخزن موزه و قلعه کتاب است. طبقه همکف داراي سالن آثار هنري شامل تابلوها و مبلمان، گلدان و قلمدان هاست و در همين طبقه سالن ويژه مطالعه برادران و خواهران است.
موزه داراي تنوع موضوعي است اما به هنگام ساماندهي اين موزه، سالنهاي مجزا براي آثار همسان و هماهنگ پيش بيني شده، به گونهاي که ميتوان موزه ملک را جزء موزههاي موضوعي طبقه بندي کرد.
