ابزاری برای تحلیل نتایج توالی‌سنج DNA

دستگاه MinlON یک توالی سنج بسیار کوچک و قابل حمل است که توسط شرکت اکسفورد نانوپور تولید می‌شود. مرکز آنالیز ژنوم ابزاری ساخته که می‌توان از آن برای تحلیل خروجی‌های این توالی‌سنج استفاده کرد.


به گزارش سرویس فناوری ایسنا، محققان مرکز آنالیز ژنوم (Genome Analysis Centre) اقدام به استفاده از یک ابزار جدید موسوم به نانواوکی (NanoOk) برای توالی‌سنجی DNA با کمک نانوحفره کرده است. این توالی‌سنجی توسط دستگاه MinlON شرکت آکسفورد نانوپور (Oxford Nanopore) انجام می‌شود.

نانواوکی اولین ابزار منبع بازی است که می‌توان با استفاده از آن آنالیز کنترل کیفی و خطایابی را در دستگاه توالی‌سنجی شرکت آکسفوردنانوپور انجام داد. این ابزار خروجی خود را در فرمت Pdf ارائه می‌کند. در این گزارش، جدول و نمودارهای مورد نظر درج شده‌ است. هر نمودار شامل اطلاعات خامی است که کاربر می‌تواند از آن براساس نیاز خود استفاده کند.

این ابزار در حال حاضر می‌تواند از نرم‌افزار نصب شده روی توالی‌سنج استفاده کند با این حال می‌توان آن را برای سیستم‌های مبتنی بر جاوا نیز استفاده کرد.

دستگاه MinlON یک توالی‌سنج بسیار کوچک و قابل حمل است که از یک کنترل تلویزیون کوچکتر بوده و قادر به خواندن رشته‌های DNA به طول چند کیلوباز است. این دستگاه با استفاده از یک رابط USB به کامپیوتر متصل می‌شود. ابعاد این دستگاه بسیار کوچک و برای استفاده در تحقیقات مختلف ایده‌آل است.

نانواوکی ابزار جانبی است که می‌تواند کیفیت خروجی این دستگاه را ارزیابی کند. همچنین تأثیر ادوات جانبی مختلف این دستگاه روی نتایج ارائه شده از آن با این دستگاه قابل تشخیص است.

ریچارد لگت، مدیر پروژه مربوط به این دستگاه، می‌گوید: «سرعت تغییرات نتایج در این دستگاه بسیار سریع است. وجود این ابزار به محققان کمک می‌کند تا این تغییرات را ارزیابی و درک کنند. نانواوکی امکان آنالیز جامع روی نتایج را فراهم می‌کند. زمانی که ما از این توالی‌سنج استفاده می‌کنیم، کاملاً جای خالی یک ابزار آنالیزی احساس می‌شود. مطمئن هستیم که گروه‌های تحقیقاتی مختلف نیز می‌توانند از این ابزار استفاده کنند.

مقاله‌ای با عنوان "Multi-reference alignment analysis of nanopore sequencing data, quality and error profiles در نشریه "Bioinformatics درباره این ابزار منتشر شده‌ است.


منبع :