توالی‌سنجی DNA جانداران کوچک با فناوری مبتنی بر نانوحفره

یک تیم تحقیقات بین‌المللی با استفاده از فناوری توالی‌سنجی شرکت اکسفورد نانوپور، اقدام به توالی‌سنجی اورگانیسم‌های مختلف نظیر باکتری ایکولا کردند.ود.



یک تیم تحقیقات بین‌المللی با استفاده از فناوری توالی‌سنجی شرکت اکسفورد نانوپور، اقدام به توالی‌سنجی اورگانیسم‌های مختلف نظیر باکتری ایکولا کردند. با این کار مسیر استفاده از این فناوری برای توالی‌سنجی DNA موجودات پیچیده‌تر هموار می‌شود.

به گزارش سرویس فناوری ایسنا، پژوهشگران کانادایی با همتایان انگلیسی خود موفق به توالی‌سنجی DNA اورگانیسم‌های زنده نظیر باکتری ایکولا با استفاده از فناوری MinIONTM شرکت اکسفورد نانوپور شدند. نتایج یافته محققان در قالب مقاله‌ای در نشریه Nature Methods منتشر شده است.

با نتایج این پروژه، مسیر استفاده از این فناوری برای توالی‌سنجی موجودات پیچیده هموار شده و می‌توان امیدوار بود که بتوان روزی از این فناوری برای توالی‌سنجی DNA انسان استفاده کرد. سایمون از محققان این پروژه می‌گوید: «نکته جالب توجه در این پروژه آن است که این ابزار بسیار کوچک بوده به طوری که می‌توان با استفاده از یک کابل USB آن را به لپ تاپ متصل کرد. نتایج این پژوهش ثابت می‌کند که می‌توان از توانمندی‌های این نوع فناوری استفاده کرد و گام‌های مثبتی در مسیر توالی‌سنجی برداشت. ما به صورت مدل ریاضی، توالی سنجی DNA را انجام داده و روش‌هایی برای توالی‌سنجی کامل DNA ارائه کردیم.»

در حال حاضر روش‌های توالی‌سنجی استاندارد مختلفی وجود دارد که اطلاعات زیادی ایجاد کرده و نیاز به بازخوانی داده‌های بسیاری دارد تا فرآیند توالی‌سنجی انجام شود، اما در این روش کار به سادگی قابل انجام است.

سایمون می‌گوید: «خواندن بازهای زیاد از ضروریات توالی‌سنجی است، در صورتی که بخواهیم توالی‌سنجی را برای DNA انسان انجام دهیم، این فرآیند پیچیده‌تر می‌شود. با توجه به ابعاد کوچک این دستگاه می‌توان گفت که فضای زیادی برای توالی‌سنجی رشته‌های پیچیده‌تر و بزرگتر وجود دارد.»

یکی از اشکالات این روش آن است که برای توالی‌سنجی‌های منفرد، اطلاعات بدست آمده دقت کمتری نسبت به دستگاه‌های بزرگتر دارند. باید از ابزارهای بیوانفورماتیک برای اصلاح خطاها استفاده کرد. روشی که سایمون و همکارانش ارائه کردند می‌تواند برای رفع این خطاها و افزایش دقت توالی‌سنجی به کار رود. این روش، سه مرحله مختلف دارد توالی‌ها خوانده شده و با هم مقایسه می‌شوند و سپس با استفاده از فرآیند ترازکردن چندگانه، کار اصلاح انجام می‌شود.

منبع :